Małżeństwo 3 lipca 1927 wyszła za mąż za młodszego o sześć lat Mieczysława Pronera, również urodzonego w rodzinie zasymilowanych Żydów, doktora farmacji i wykładowcę Uniwersytetu Warszawskiego. 14 stycznia 1929 urodziło się ich jedyne dziecko, córka Janina. Pronerowie kontynuowali pracę na Uniwersytecie do 1938, kiedy Mieczysławowi odmówiono, ze względu na żydowskie pochodzenie, otwarcia przewodu habilitacyjnego. Rok później Proner został zmobilizowany i po wybuchu II wojny światowej trafił do niewoli radzieckiej. Wiosną 1940 zamordowano go w Charkowie.
Lata okupacji Po powstaniu getta warszawskiego Maria Pronerowa, za namową znajomych (szczególnie aktywnej potem w „Żegocie” Marii Palestrowej), pozostała z córką po stronie aryjskiej. Uzyskała dokumenty na nazwisko Pogonowska, którym posługiwała się już do końca życia. Wielokrotnie zmieniała miejsce zamieszkania, utrzymywała się z handlu środkami spożywczymi (proszkami zastępującymi jajka), papierosami, mydłem. Do getta trafili starsza siostra i rodzice Pronerowej, a także rodzina męża;