Po wojnie Po wojnie Maria Pogonowska zdecydowała się nie wracać do pracy naukowej i związała się z Domem dla Dzieci i Chronicznie Chorych, prowadzonym na Okęciu przez Marię Palester. Została jej zastępczynią, zajmowała się sprawami administracyjnymi, pomagała podopiecznym w lekcjach. Przyczyniła się do pozyskania terenu na warszawskim Kole pod nową siedzibę domu, przekształconego w Dom Dziecka Warszawy i była aktywna przy jego planowaniu, budowie, urządzaniu. W placówce tej pracowała do przejścia na emeryturę w 1962. W tym czasie bezskutecznie korespondowała z władzami polskimi i radzieckimi oraz Czerwonym Krzyżem w sprawie ustalenia losów męża, nie znalazła jego nazwiska również na listach katyńskich dostępnych na Zachodzie, kiedy przebywała na zaproszenie dalszej rodziny w USA w 1964. Na emeryturze nie pozostawała bezczynna, zajmowała się wnuczkami, a także podjęła jeszcze raz pracę dydaktyczną na Akademii Medycznej w Warszawie, prowadząc ćwiczenia w Zakładzie Fizyki.