W następnym miesiącu pierwszy prototyp przeprowadził próby z podwieszanym zasobnikiem do przetaczania paliwa w powietrzu. W trakcie prób testowano działanie zasobnika, rozwijanie i zwijanie elastycznego węża w różnych zakresach prędkości. W czerwcu do dalszych prób włączony został drugi prototyp, na którym pomiędzy czerwcem i lipcem 2016 roku przeprowadzono próby zrzutu skoczków spadochronowych przy użyciu bocznych drzwi desantowych oraz tylnej rampy ładunkowej. 18 listopada 2016 roku transportowiec otrzymał tymczasowy wojskowy certyfikat typu oznaczający, iż w swojej podstawowej konfiguracji maszyna spełnia wymagania stawiane przez wojsko. Organem wydającym certyfikat był brazylijski Instytut Rozwoju i Koordynacji Przemysłowej (Instituto de Fomento e Coordenação Industrial IFI). Również w listopadzie tego samego roku prace badawcze objęły po raz pierwszy próby obciążeń statycznych wybudowanego płatowca numer 390801. Z kolei drugi nielatający płatowiec numer 390802, poddany został próbom zmęczeniowym, mającym na celu ustalenie zakres maksymalnych obciążeń konstrukcji. 19 lutego 2017 roku doszło do pierwszego połączenia KC-390 z drugim samolotem za pomocą elastycznego przewodu do podawania paliwa. Próba miała na celu sprawdzenie działania całej procedury połączenia bez samego przetaczania paliwa.