Przypuszczano, że preparaty BSA mogą pomóc przy leczeniu wstrząsu u żołnierzy na polu bitwy. Studia doktoranckie rozpoczął we wrześniu 1941 roku; pracując na nocną zmianę przy frakcjonowaniu krwi, a rankiem uczestnicząc w kursach wstępnych z chemii organicznej na uczelni.
W 1942 roku odkryto, że albumina wołowa nie jest skutecznym środkiem w leczeniu wstrząsu i zamiast prac nad frakcjonowaniem BSA, rozpoczęto prace nad frakcjonowaniem białek z krwi ludzkiej masowo pozyskiwanej od dawców. Do tego zadania „Armour and Company” otworzyła filię w Fort Worth, do której został skierowany Kennedy. W październiku 1943 roku do zespołu dołączyła Adelaide Majewski, którą Kennedy znał jeszcze ze szkoły, i z którą ożenił się 27 października 1943 roku. Obowiązki Kennedy’ego w Fort Worth obejmowały nadzór nad jedną z trzech zmian zajmujących się frakcjonowaniem i nie dawały mu dużo okazji do pracy naukowej. Kennedy pracował na tym stanowisku do wiosny 1945 roku, kiedy to w obliczu kończącej się wojny powrócił do Chicago.