Okres powojenny i doktorat Po zakończeniu wojny i powrocie na uniwersytet w Chicago, zainspirowany swoją pracą nad krwią, Kennedy przeniósł się z wydziału chemii na wydział biochemii. W 1947 roku zaczynając pracę nad swoją dysertacją doktorską, Kennedy zagadnął Alberta Lehningera, wówczas młodego pracownika naukowego wydziału pracującego nad fosforylacją oksydacyjną i oksydacją kwasów tłuszczowych, o możliwości związane z oczyszczeniem i krystalizacją enzymów biorących udział w beta-oksydacji. Lehniger wskazał, że do tej pory nikt jeszcze nie uzyskał nawet ekstraktów przejawiających aktywność enzymatyczną na tym szlaku, co byłoby podstawą do izolacji konkretnych enzymów z tego ekstraktu. Jednak zgodził się przyjąć Kennedy’ego jako swojego doktoranta, który 30 czerwca rozpoczął badania procesów beta-oksydacji.
Pierwszym zadaniem Kennedy’ego było zbadanie, zaobserwowanego przez Lehningera, fenomenu porównywalnej inhibicji, której podlegały fosforylacja oksydacyjna, jak i beta-oksydacja w warunkach hipotonicznych, podczas gdy ich aktywność była zachowana w warunkach izotonicznych.