W międzyczasie członkowie kapituły przyjęli protestantyzm.
Za pośrednictwem cesarza Ferdynanda I została zawarta Ugoda bremeńska (Bremer Vergleich): kapituła katedralna zrezygnowała w dużej mierze ze swego wpływu na kościół miejski w Hamburgu, zachowała jednak swoje zwierzchnictwo nad katedrą oraz własne dochody i jurysdykcję nad swoimi członkami. Od tego czasu katedra stanowiła swoistą enklawę w Hamburgu, podporządkowaną władzy zewnętrznej – do 1648 podlegała luterańskiemu biskupowi-administratorowi Bremy, natomiast po pokoju westfalskim w 1648 dostała się, podobnie jak i arcybiskupstwo bremeńskie, pod zwierzchnictwo najpierw Szwecji (Księstwo Bremy), a od 1715 księstwa Hanoweru.
Ok. 1772 został przyjęty przez miasto pierwszy plan zakupu nieruchomości katedralnej, nie udało się go jednak zrealizować. Dopiero pod koniec stulecia kapituła katedralna pod naciskiem rządu hanowerskiego sprzedała swoją bibliotekę.
Wyburzenie katedry thumb|Widok ruin byłej hamburskiej katedry, pierwszej chrześcijańskiej świątyni na północy Europy (1806) Po przyjęciu w 1803 państwowej ustawy mediatyzacyjnej, tzw.