Reichsdeputationshauptschluss katedra hamburska została zsekularyzowana i stała się własnością miasta Hamburga.

Immunitet katedralny w centrum miasta, który leżał w interesie arcybiskupa Bremy, względnie jego politycznych następców, czynił jednak z katedry swego rodzaju obce ciało pośrodku miasta, nie dające się pogodzić z miejsko-republikańską ustawą kościelną i jej prawnymi podstawami. Upadła zatem racja dalszego bytu katedry. W 1806 zapadła decyzja o jej rozbiórce. W oficjalnym uzasadnieniu powoływano się na ogromne obciążenie budowlane katedry oraz na znikome znaczenie małej parafii katedralnej. Również artystyczno-historyczne znaczenie katedry i jej drogocenne wyposażenie nie wzbudzało wówczas żadnego zainteresowania. Wartościowe dzieła sztuki składające się wyposażenie katedry dzięki zaangażowaniu malarza Philippa Otto Runge zostało jednak uratowane i sprzedane, m.in. późnośredniowieczny ołtarz, pochodzący z warsztatu hamburskich mistrzów Absolona Stumme i Hinrika Bornemanna. Część okien ze średniowiecznymi XV-wiecznymi witrażami została przeniesiona do nowo zbudowanego katolickiego kościoła św.