Po ukończeniu Monachijskiego Gimnazjum (wyższa uczelnia) Haushofer rozważał karierę akademicką. Jednak służba w bawarskiej armii okazała się tak dlań interesująca, że zatrudnił się jako instruktor w akademii wojskowej i w sztabie generalnym. W 1887 roku wstąpił do 1 pułku artylerii polnej „Prinzregent Luitpold” i ukończył bawarską szkołę wojny (akademii artylerii) i Akademię wojny (bawarską Kriegsakademie). W 1896 roku ożenił się z Martą Mayer-Doss (1877–1946), która była pół-Żydówką. Mieli dwóch synów (Albrecht i Heinz). Haushofer kontynuował karierę jako zawodowy żołnierz, służył w niemieckiej armii, w 1903 roku rozpoczął pracę pedagogiczną w bawarskiej Kriegsakademie.
W listopadzie 1908 roku wojsko wysłało go do Tokio do japońskiej armii w charakterze doradcy i instruktora w sprawach artylerii. Jechał z żoną drogą morską poprzez Indie i Azję Południowo-Wschodnią i przybył w lutym 1909 roku. Haushofer został przyjęty przez japońskiego cesarza i poznał wielu ważnych ludzi w polityce i siłach zbrojnych. Jesienią 1909 wyjechał z żoną do Korei i Mandżurii przy okazji budowy kolei. W czerwcu 1910 roku rozpoczął powrót do Niemiec koleją transsyberyjską poprzez Rosję i w miesiąc później wróciłł do Niemiec.