Wkrótce potem zaczął cierpieć z powodu poważnych chorób i otrzymał urlop z wojska na trzy lata. W latach 1911–1913 Haushofer obronił pracę doktorską z zakresu filozofii na Uniwersytecie Ludwika i Maksymiliana w Monachium dotyczący Japonii zatytułowany: Dai Nihon, Betrachtungen über Groß-Japan Wehrkraft, Weltstellung und Zukunft. Podczas I wojny światowej doszedł do rangi generała i dowodził brygadą na froncie zachodnim. Był rozczarowany z powodu klęski Niemiec i nałożenia ciężkich reparacji, dlatego w 1919 roku odszedł na emeryturę w randze generała brygady. W tym czasie zawarł przyjaźń z Rudolfem Hessem, który stał się jego asystentem.
thumb|Generał Haushofer i Rudolf Hess (ok. 1920) Haushofer wrócił do pracy akademickiej z zamiarem przywrócenia i regeneracji siły Niemiec. Haushofer w braku wiedzy geograficznej i świadomości geopolitycznej upatrywał główną przyczynę klęski Niemiec w I wojnie światowej. Jego zdaniem Niemcy nie miały właściwie dobranych geopolitycznych sojuszników, jak i wrogów. Dziedzina nauk politycznych i geograficznych w ten sposób stała się obszarem jego specjalnych zainteresowań. W 1919 roku Haushofer został docentem prywatnym na geografii politycznej na monachijskim uniwersytecie, a w 1933 roku profesorem.