Louis Pauwels przypuszczał, że był kiedyś uczniem Gurdżijewa. Przypuszczano także, że był tajnym członkiem Towarzystwa Thule. Po ustanowieniu reżimu nazistowskiego, Haushofer pozostał w przyjaznych stosunkach z Rudolfem Hessem, który chronił Haushofera i jego żonę przed nazistami, ze względu na ich uprzedzenia rasowe (zgodnie z ich nomenklaturą żona Haushofera była „pół-Żydówką”). W latach międzywojennych Haushofer odegrał istotną rolę w przyłączeniu Japonii do państw Osi, działając zgodnie z założeniami swojej własnej książki „Geopolityka Pacyfiku”.
Syn Haushofera, (1903–1945), po bitwie pod Stalingradem nie wierzył w zwycięstwo Niemiec, za współudział w zamachu na Hitlera został stracony przez hitlerowców w więzieniu Moabit w Berlinie. Po wojnie Karl Haushofer był przesłuchiwany przez jezuitę w celu ustalenia, czy powinien on stanąć przed sądem w Norymberdze za zbrodnie wojenne. Zdaniem Walsha nie ciążyły na nim żadne zbrodnie wojenne. W dniu 10 marca 1946 roku w Pähl Haushofer popełnił wraz z żoną samobójstwo, zażywając truciznę, Hochland-Bote, 15 marca 1946..