21 września 1483 roku poślubił obywatelkę Bazylei, wdowę Barbarę Ortenberg, córkę radnego Bazylei Leonharda Ortenberga. Z Barbarą Ortenberg Johann miał trzech synów, Bruna (1484-1519), Basiliusa (1488-1535) i Bonifaciusa (1495-1562), córkę zmarłą w dzieciństwie oraz córkę Margarete (1490-1541; jej imię pochodzi od patronki klasztoru St. Margarethental). Synowie i dalsi potomkowie Johanna należeli do najwybitniejszych uczonych renesansowych Niemiec. Ród Amerbachów rozwinął szeroką sieć stosunków zawodowych i towarzyskich z uczonymi całej Europy.
Amerbach zmarł 25 grudnia 1513 roku, w czasie prac nad jego największym dziełem – wydaniem zbiorowym wszystkich pism doktorów Kościoła. Pochowany został w bazylejskim klasztorze kartuzów.
Po śmierci Johanna jego dzieło kontynuowali nie jego synowie, ale najbliższy współpracownik i uczeń, Johannes Froben, choć aktywa firmy odziedziczyli synowie, a ojciec żywił nadzieję, że kontynuować będą oni dzieło jako jego opiekunowie naukowi, podczas gdy Froben będzie czuwał nad jego aspektami technicznymi i finansowymi. Bruno zmarł jednak młodo, w wieku 35 lat, Basilius pomagał wprawdzie w pracy Frobena nad wydaniem św.