Późniejsi komentatorzy aleksandryjscy podkreślali, że zadaniem komentatora jest uznać spory Arystotelesa z Platonem za pozorne i szukać zasadniczej harmonii między nimi.
Poglądy filozoficzne Stanowisko filozoficzne Amoniusza trudno jest dokładnie określić z czterech powodów: zachowały się tylko komentarze do Arystotelesa, co nie pozwala określić precyzyjnie stosunku Amoniusza do neoplatonizmu; z prac Proklosa, którego uczniem był Amoniusz, nie zachowały się w ogóle komentarze do Arystotelesa, co nie pozwala ocenić samodzielności Amoniusza; spora część komentarzy Amoniusza przepadła; prace, które przetrwały, w większości dotarły pod imionami uczniów, co sprawia, że nie zawsze łatwo jest oddzielić poglądy nauczyciela i ucznia.
Neoplatonizm Amoniusza W przeszłości uważano (K. Praechter, 1910), że neoplatońska szkoła aleksandryjska różniła się zasadniczo od ateńskiej, i to zarówno przed Amoniuszem, jak i po nim. W szczególności wskazywano na marginalizowanie Jamblichowej teurgii i praktyk magicznych, a także Proklosowych hipostaz i ich układów triadycznych (Wallis, 1972). W przeciwieństwie do doktryn szkoły ateńskiej Praechter widział aleksandryjczyków jako bardziej powściągliwych, racjonalnych i trzeźwych, skupionych na Arystotelesie, przez co łatwiej mogli się pogodzić z silnym w Aleksandrii kultem chrześcijańskim. P.