Merlan (1968) poszedł jeszcze dalej, czyniąc z Amoniusza twórcę filozofii chrześcijańskiej, uznającego osobowego Boga Stwórcę.
Nowsze badania (Hadot, 1978 i Verrycken, 1990) w znacznym stopniu odwróciły tę tendencję. Wskazuje się w nich na osobiste związki twórców obydwu szkół, na pewne aluzje w pismach Amoniusza do neoplatonizmu. Wysuwa się też argument negatywny, braku w zachowanych pismach jądra systemu Amoniusza, przez co trudno ocenić jego stanowisko. W komentarzach do Arystotelesa, szczególnie logicznych, Amoniusz mógł nie poruszać kwestii neoplatońskich, szczególnie, że studia nad Arystotelesem uważane były za wstęp do Platona. W tym kontekście poruszanie złożonych zagadnień metafizycznych mogło być nawet niewskazane dla mniej zaawansowanych uczniów. Z drugiej strony badacze zauważają, że fakt, iż Amoniusz wyżej stawiał komentowanie Arystotelesa, może świadczyć o jego dystansie do metafizyki neoplatońskiej.