osoby innych wyznań musiały obserwować ceremonię z wydzielonego sektora. W kolejnych dniach miały miejsce osobne ceremonie poświęcenia bocznych kaplic Wprowadzenia Matki Bożej do Świątyni oraz Świętych Piotra i Pawła. Pierwotnie w poświęceniu cerkwi miał uczestniczyć następca tronu carskiej Rosji Mikołaj. Ostatecznie jednak carewicz nie pojawił się na uroczystości, gdyż w miejscowości Ōtsu został zaatakowany przez japońskiego policjanta, co skłoniło jego rodziców do natychmiastowego przerwania jego wizyty w Japonii.
Sobór był od początku istnienia ważnym ośrodkiem misyjnym. Stale dyżurował w nim człowiek tłumaczący niechrześcijańskim gościom znaczenie poszczególnych elementów wyposażenia budynku oraz przekazujący informacje o działalności misjonarzy z Rosji. Misja działała w Tokio do 1917, kiedy straciła wsparcie finansowe rządu rosyjskiego na skutek upadku caratu. We wrześniu 1923 sobór poważnie ucierpiał w czasie trzęsienia ziemi. Na skutek wstrząsów wolnostojąca dzwonnica przewróciła się na główną kopułę obiektu, zaś w chwilę później pożar strawił praktycznie całe wyposażenie wnętrza cerkwi. W kolejnym miesiącu pracujący w cerkwi kapłani zdecydowali się na podjęcie odbudowy świątyni w jej dotychczasowym kształcie, mimo znaczącego spadku liczby wiernych w latach po rewolucji październikowej w Rosji.