Odnowiony sobór został ponownie poświęcony 15 grudnia 1929.
Regularne nabożeństwa w soborze odbywały się do 1941. W czasie II wojny światowej sobór ponownie został uszkodzony przez bombardowania. Przy odbudowie obiektu ze zniszczeń został pomalowany na biało i czarno. 5 kwietnia 1946 w świątyni obradował Sobór Japońskiego Kościoła Prawosławnego, który zdecydował o przejściu tej struktury pod jurysdykcję Kościoła Prawosławnego w Ameryce. Regularne nabożeństwa w soborze zaczęły być jednak odprawiane dopiero w 1949, po czym budynek został wyremontowany. W latach 50. i 60. rozwijała się działalność społeczna parafii działającej przy soborze: kolejno powstała szkoła, bractwo prawosławne i seminarium duchowne, kontynuujące tradycję misji rosyjskiej.
Soborem katedralnym obiekt stał się 22 marca 1972, zaś w sześć lat później do południowej fasady budynku dobudowano kaplicę św. Mikołaja JapońskiegoTj. hieromnicha Mikołaja (Kasatkina). Kolejna renowacja budynku miała miejsce w latach 90. XX wieku i zakończyła się 10 maja 1998 ponownym poświęceniem odnowionej świątyni.