Ojciec Justyniana, Mikołaj Karnicki, był dziedzicem Ewermujży i Zahałowa. Justynian Karnicki był najstarszym dzieckiem Mikołaja i Doroty z Niemirowiczów-Szczyttów (zmarłej 10.VI.1813)Justynian Szczytt Niemirowicz [w:] Polski Słownik Biograficzny, tom 47, 2011, s. 565-567. Miał dwóch braci: Józefa oraz Jana (1813-1879) – senatora Królestwa Polskiego, tajnego radcę, fundatora i pierwszego właściciela Pałacu Karnickich w Alejach Ujazdowskich w WarszawieKarnicki Jan [w:] Polski Słownik Biograficzny, tom 12, 1967, s. 67T.Jaroszewski, Księga pałaców w Warszawie, 1985, s. 48; oraz trzy siostry: Anielę - żonę hrabiego Gustawa Wielhorskiego; Antoninę - żonę Edmunda Sulistrowskiego; oraz Adelę - żonę księcia Konstantego Radziwiłła, marszałka nowogrodzkiegoT.Żychliński, Złota Księga Szlachty Polskiej, Rocznik IV, Poznań 1882, s. 367A.Boniecki, Herbarz polski, t. IX, 1906, s. 259.
Ze strony matki Justynian Karnicki był bratem ciotecznym ryskiego filantropa marszałka Justyniana Niemirowicza-Szczytta i zesłańca księdza Jana Niemirowicza-Szczytta.