Specjalna komisja MSW, która badała sprawę uznała jednaki, że o ile w działaniach dyrektora i niektórych lekarzy odnotowano pewne nieprawidłowości, o tyle miały one charakter sporadyczny, a dowody nie potwierdzają, aby chorych głodzono lub maltretowano w systematyczny sposób.
W latach 1931–1932 był kierownikiem Okręgowego Zakładu Psychiatrycznego w więzieniu w Grudziądzu.
W 1933 roku objął stanowisko dyrektora Pomorskiego Krajowego Zakładu Psychiatrycznego w Świeciu. Kierując jedną z najstarszych placówek psychiatrycznych na ziemiach polskich, starał się promować nowatorskie metody leczenia, stawiając sobie za cel przekształcenie świeckiego szpitala w nowoczesny zakład. Zmienił w znaczący sposób relację pomiędzy pacjentami i personelem, ponadto zmienił wygląd szpitala i poszczególnych oddziałów. Bednarza cechował humanistyczny, przyjacielski stosunek do chorych. Zwykł mawiać, iż „miarą człowieczeństwa jest stosunek do ludzi chorych psychicznie”. Mówiono o nim, iż „tworzył pomost pomiędzy mentalnościami”.
Okupacja i śmierć mały|Kamień upamiętniający Józefa Władysława Bednarza w Parku Pamięci Ofiar Zbrodni Pomorskiej 1939 w Toruniu