Niemal na samym początku II wojny światowej, gdyż już 3 września 1939 roku, Świecie zostało zajęte przez niemiecki Wehrmacht. Nazistowska ideologia uznawała osoby psychicznie chore za „niezdolne do współżycia społecznego i wiodące żywot niegodny życia”. Zaraz po zakończeniu kampanii wrześniowej okupanci przystąpili więc do eksterminacji pacjentów polskich szpitali psychiatrycznych, w pierwszym rzędzie na ziemiach wcielonych do III Rzeszy.
W świeckim szpitalu przebywało w momencie wybuchu wojny około 1700 pacjentów, którymi opiekowało się 9 lekarzy. Po zajęciu Świecia przez wojska niemieckie rozpoczął się tzw. okres autonomii, trwający cały wrzesień. W tym czasie nie doszło do żadnej poważniejszej ingerencji w pracę placówki, która znalazła się pod nadzorem SA. Już w październiku władzę w szpitalu przejęli jednak niemieccy administratorzy. Specjalna komisja, na której czele stał dr Erich Grossman (pełnomocnik do spraw służby zdrowia w prowincji Gdańsk-Prusy Zachodnie), rozpoczęła „selekcję” chorych, skazując większość z nich na śmierć.
Doktor Bednarz został wówczas pozbawiony stanowiska i osadzony w areszcie domowym.