Mimo tych niesprzyjających warunków starał się jednak ratować swoich pacjentów, zwalniając ich w miarę możliwości na kwatery prywatne lub do rodzin.
15 października 1939 rozpoczęła się trwająca blisko tydzień akcja eksterminacji pacjentów szpitala psychiatrycznego w Świeciu. 1350 chorych wywieziono na teren żwirowni w Mniszku pod Świeciem, gdzie zostali rozstrzelani lub zatłuczeni przez SS-manów ze specjalnej jednostki Wachsturmbann „Eimann”. Pozostałych pacjentów w większości wywieziono do szpitala psychiatrycznego w Kocborowie, a następnie zamordowano w Lesie Szpęgawskim. Wśród ofiar znajdowało się 120 dzieci, które wywieziono na egzekucję pod pozorem odbycia wycieczki.
Bednarz nie skorzystał z możliwości ucieczki, postanawiając pozostać ze swoimi pacjentami do samego końca. Wraz z jednym ze szpitalnych transportów trafił do żwirowni w Mniszku i tam został zamordowany. Ze względu na okoliczności śmierci bywa czasem nazywany „Pomorskim Korczakiem”.
Działalność naukowa Józef Władysław Bednarz był autorem dziewięciu prac naukowych i kilkunastu referatów z dziedziny psychiatrii.