Ponieważ generał Adam Pietraszkiewicz, wyznaczony na stanowisko komendanta legionu, nie objął swojej funkcji, a podpułkownik Piotr Fiałkowski, pełniący obowiązki komendanta, w dniu 14 września złożył dymisję, dowództwo objął kapitan Józef Haller. Kapelanem legionu był ojciec Damian Węgiel, kapucyn z klasztoru w Kutkorzu. 4 września w Chyrowie legioniści defilowali przed arcyksięciem Franciszkiem Leopoldem Salwatorem. 19 września legion przybył do Mszany Dolnej. Tam też stawił się podpułkownik Homiński, wyznaczony na nowego komendanta legionu.
21 września 1914 podjęto decyzję o rozwiązaniu legionu w domu Józefa Ptasia w Mszanie Dolnej. Pozostali żołnierze Legionu Wschodniego, z Józefem Hallerem na czele sformowali Drugą, tzw. "Żelazną Brygadę". Gotowość złożenia przysięgi zadeklarowało około 800 legionistów skupionych wokół kapitanów Józefa Hallera i Jana Kozickiego. Legioniści gotowi złożyć przysięgę oraz ochotnicy ze Śląska Cieszyńskiego (około 370) i Podhala (około 500) utworzyli 3 Pułk Piechoty Legionów Polskich. Dowództwo pułku objął podpułkownik Homiński, a dowódcami batalionów zostali: I – kapitan Haller, II – Paweł Kittay, III – Stanisław Colona-Walewski, IV – kapitan Kozicki.