Na sklepieniu nawy głównej były freski, wykonane prawdopodobnie przez Dankersa de Ry.
Od 1633 przedmiotem specjalnego kultu stała się figurka Matki Boskiej Loretańskiej, zwanej także Matką Boską Nowicjacką.
W 1655 kościół i klasztor padły łupem Rosjan, a pozostałe resztki pochłonął pożar, który wybuchł w 1656 roku. Podczas odbudowy powstał przy klasztorze warsztat skupiający zakonników-rzemieślników różnych specjalności: murarzy, malarzy, stolarzy czy sztukatorów. Warsztat był pomocny również przy remoncie innych wileńskich obiektów sakralnych, także w przyszłych dziesięcioleciach. Przy klasztorze istniał ponadto szpital i browar.
W 1681 do klasztoru dobudowano refektarz.
W następnych dziesięcioleciach wnętrze kościoła wzbogacało się o liczne dzielą sztuki, m.in. pomnik nagrobny biskupa kijowskiego, Tomasza Ujejskiego, który zmarł jako jezuita. W kopule namalowano 18 portretów członków zakonu.