Pożar zniszczył dach kościoła, szczyty zachodnie i znaczną część sklepienia prezbiterium. Ogień nie dosięgnął wnętrza kolegiaty. Nie zważając na trudności finansowe kapituła kolegiacka pod przewodnictwem scholastyka, a od 1631 roku prepozyta Alberta Lipnickiego postanowiła przystąpić do remontu i odbudowy.
Przebudowy W trakcie odbudowy zmieniono konstrukcję dachu na dwuspadową, naprawiono posadzkę i okna.
W latach 1670–1674 przebudowano fasadę zachodnią, dobudowano kruchtę, ujętą lizenami i zwieńczoną trójkątnym frontonem, z kolumnowym barokowym portalem. W zwieńczeniu portalu w znajdujących się po obu stronach niszach umieszczono późnobarokowe rzeźby świętych z 2 poł. XVIII wieku.
Ok. 1680 kolegiata otrzymała pilastrowy szczyt z niskimi wieżyczkami i oknem o bogatym obramieniu. Szczyt tynkowany z detalami z kamienia kunowskiego, oddzielony belkowaniem i cokołem, ujęty w spływy wiążące go z flankującymi czworobocznymi wieżyczkami, rozczłonkowany parami pilastrów, zwieńczony trójkątnym przyczółkiem, pośrodku wnęka arkadowa w pilastrowym obramieniu z przerwanym przyczółkiem, w którym umieszczono kartusz z herbem kapituły, a poniżej kartusz z herbem Łabędź bpa Andrzeja Trzebickiego, na frontonie rzeźba Matki Boskiej z Dzieciątkiem i po bokach kamienne wazony.