Maturę zdobyła w 1937 roku w Wilnie i w tym samym roku podjęła studia na Wydziale Elektrycznym Politechniki Warszawskiej. Po ukończeniu trzech semestrów przeniosła się jednak na wydział humanistyczny Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie, obierając jako specjalizację filozofię, a jako przedmiot poboczny – matematykę. Gdy w grudniu 1939 roku Uniwersytet Wileński uległ likwidacji, Barbara Skarga kontynuowała do 1944 roku swoje studia na konspiracyjnych seminariach swoich mistrzów profesorów H. Elzenberga, T. Czeżowskiego, K. Górskiego i S. Srebrnego, zdając wszystkie przewidziane programem egzaminy.
Brała też udział w konspiracyjnym szkolnictwie średnim w Wilnie, ucząc łaciny i matematyki. Jednocześnie zaangażowała się w niepodległościową działalność konspiracyjnej Armii Krajowej, pełniąc różne funkcje, aż do funkcji kierownika łączności terenowej okręgu wileńskiego. Była łączniczką w AK o pseudonimie Ewa. Kierowała tzw. zewnętrzną łącznością, tj. z Inspektoratami i bezpośrednio z brygadami w terenie. Z tego powodu aresztowana przez okupacyjne władze radzieckie została skazana na 10 lat łagru. Była więziona w obozie w Prawieniszkach na Litwie, następnie została zesłana w głąb Rosji, w tym na Syberię. Była więziona m.in. w łagrze w UchcieSebastian Łupiak, W łagrze bolały nawet wspomnienia z Wigilii – wspomina prof.