Na lądzie obaj mężczyźni zastanawiają się, co dalej zrobić – po przestudiowaniu dziennika okazuje się, że ostatnia kartka została wydarta. Ponadto informacje z dziennika wskazują, że legendarne El Dorado znajduje się w ruinach jednej ze świątyń prekolumbijskich cywilizacji w Amazonii w Ameryce Południowej. Nate i Sully wypływają tam natychmiast, zostawiając Elenę na brzegu, aby jej reportaż nie ściągnął im na głowy konkurencji w wyścigu po skarb.
W tajemniczej świątyni okazuje się, że złoty posąg El Dorado został dawno temu wykradziony przez Hiszpanów. Kolejne poszlaki prowadzą do tkwiącego w środku dżungli niemieckiego U-Boota z czasów II wojny światowej, gdzie od razu udają się bohaterowie. Gdy poszukiwacze skarbów docierają na miejsce, okazuje się, że łódź jest częściowo pod wodą. Drake postanawia, że sam popłynie ją przeszukać i oddaje Sully’emu dziennik swojego przodka. Podczas penetracji łodzi znajduje wiele ciał zabitych żołnierzy oraz sakwę hiszpańskich monet. W kajucie kapitana odnajduje także mapę, która pokazuje położenie tropikalnej wyspy. Drake podejrzewa, że znajduje się tam ostateczny cel jego podróży, czyli mityczne miasto. Przez walkie-talkie informuje on Sully’ego o swoich odkryciach. W tym czasie Sully’ego odnajdują Gabriel Roman, Atoq Navarro i ich ludzie.