Jarosław Gowin został usunięty ze składu Zespołu „Znaku” w odpowiedzi na „działania obozu rządzącego, wspierane przez wicepremiera i ministra (…), zmierzające do pozbawienia niezależności władzy sądowniczej, stojące w sprzeczności z imponderabiliami, którym środowisko »Znaku« było i pozostaje wierne”. Oświadczenie spotkało się z szerokim rozgłosem medialnym, m.in. nawiązał do niego serial satyryczny Ucho Prezesa.
W 2005 r. „Znak” został udostępniony w wersji internetowej za pośrednictwem CEEOL. W tym samym roku redaktorem naczelnym pisma został Michał Bardel. W 2006 roku zebrano kilkadziesiąt najważniejszych artykułów, które ukazały się w miesięczniku „Znak” od początku jego istnienia i wydano w formie książki Ku jedności świata.
Od 2010 roku wszystkie numery „Znaku” są dostępne w formie cyfrowej. Numery archiwalne znajdują się na stronie miesięcznika. W tym samym roku redaktor naczelną miesięcznika została Dominika Kozłowska, która w 2017 r. otrzymała Nagrodę Specjalną im. Dariusza Fikusa za „odświeżenie i wzbogacenie formuły pisma, nawiązanie do najlepszych jego tradycji z jednoczesnym otwarciem na młodych autorów i odważne podejście do poruszanych tematów”. W latach 2012–2017 miesięcznik otrzymał łącznie trzy nominacje GrandFront za okładki prasowe, uzyskując w 2017 r.