Rzeźby ołtarzowe były dziełem Tomasza Huettera, a obrazy – W. Łuczyckiego. Figury przy bocznych ołtarzach – Król Dawid i Św. Hieronim – były dziełem lwowskiego rzeźbiarza, Sebastiana Fesingera. Na parapecie schodów frontowych ustawiono rzeźbę przedstawiającą Niepokalane Poczęcie Najświętszej Maryi Panny a na przykościelnym dziedzińcu rzeźbę św. Antoniego Padewskiego – patrona zakonu i świątyni. Obie rzeźby były przypisywane Sebastianowi Fesingerowi.
W 1772, w momencie zajęcia Lwowa przez Austriaków w wyniku pierwszego rozbioru Polski, w konwencie żyło czterech kapłanów i dwóch braci zakonnych. Klasztor uległ kasacie w wyniku reform józefińskich przeprowadzonych przez cesarza Austrii Józefa II.
W 1786 do kościoła św. Antoniego przeniesiono parafię z pobliskiego kościoła św. Piotra i Pawła (dawniej oo. paulinów), który przekazano wyznawcom kościoła greckokatolickiego.
W 1818 przy kościele zbudowano niewielką, klasycystyczną dzwonnicę dla trzech dzwonów według projektu J. Markla.
26 grudnia 1924 roku w świątyni został ochrzczony polski poeta, Zbigniew Herbert.
Po zakończeniu drugiej wojny światowej i przyłączeniu ziemi lwowskiej do Związku Radzieckiego franciszkanie przebywali w klasztorze lwowskim do 25 kwietnia 1946, po czym musieli opuścić go pod naciskiem komunistycznej władzy.