Pomimo tego kościół św. Antoniego pozostał, obok katedry lwowskiej, jedynym rzymskokatolickim kościołem lwowskim nieprzerwanie czynnym po 1945 do dziś.
Jedynym zakonnikiem, który zdecydował się pozostać we Lwowie był o. Rafał Kiernicki, więzień łagrów komunistycznych, duszpasterz i proboszcz katolickiej katedry we Lwowie, podniesiony przez papieża Jana Pawła II 16 stycznia 1991 do godności biskupiej. W 1989 jego staraniem do Lwowa ponownie przyjechali franciszkanie z Polski, z macierzystej Prowincji św. Antoniego i bł. Jakuba Strzemię. Zamieszkali przy swoim dawnym kościele św. Antoniego. O. bp Kiernicki zmarł 23 listopada 1995. Pięć lat później uroczyście odsłonięto jego popiersie w katedrze lwowskiej, w dowód zasług dla przetrwania Kościoła na terenie dawnego Związku Radzieckiego.
We Lwowie franciszkanie są duszpasterzami czterech wspólnot: polskiej, rosyjskiej, ukraińskiej i litewskiej. W tych czterech językach odprawiają msze, katechizują i przygotowują do przyjęcia sakramentów.
Architektura Kościół św. Antoniego jest budowlą barokową, trójnawową, w układzie bazylikowym. Fasada kościoła jest skromna, ma wysunięty portal. Podzielona jest podwójnymi pilastrami. Jej szczyt zdobią wazy i polichromia niszy.