Założona została przez Ibn-Marwana na krańcach Kalifatu Kordoby i ze względu na swoje strategiczne położenie zaczęła się szybko rozwijać.
Wraz z upadkiem kalifatu miasto stało się w 1022 roku siedzibą Taify Badajoz rządzonej przez dynastię Aftasydów. Państwo to obejmowało tereny pomiędzy dorzeczem rzeki Duero na północy i masywem Sierra Morena na południu oraz od granic Taify Toledo na wschodzie do Oceanu Atlantyckiego na zachodzie. W jego skład wchodziła większa część dzisiejszego regionu Estremadura w Hiszpanii oraz tereny Portugalii z ważnymi ośrodkami miejskimi jak Lisbona i Évora. W czasie swojego istnienia musiało się ono nieustannie opierać naciskom Królestwa Kastylii, Królestwa Portugalii oraz sąsiednich taif.
W 1094 Badajoz wraz z całą taifą zostało podbite przez Almorawidów i pozostało w ich rękach do roku 1148, kiedy kontrolę nad państwem wraz ze stolicą przejęli Almohadzi. Po bitwie pod Las Navas de Tolosa w 1212 roku rekonkwista zaczęła nabierać tempa i w marcu 1230 roku Alfons IX, król Leónu zdobył miasto, które odtąd znajdowało się w rękach chrześcijańskich. Ziemie dawnej Taify Badajoz zostały podzielone między Królestwo Leónu i Portugalii.