W roku 1336 Badajoz było oblegane przez Portugalczyków, co w połączeniu z falą epidemii spowodowało wyludnienie miasta w XIV wieku. W 1580 roku król Hiszpanii Filip II Habsburg uczynił z niego bazę dla swoich operacji militarnych podczas starań o tron portugalski. W tym samym roku zmarła tutaj jego czwarta i ostatnia żona – Anna Habsburg.
W czasie wojny o sukcesję hiszpańską, w dniach 12-16 października 1705 roku, wojska angielsko-portugalskie zdobyły miasto po silnym ostrzale artyleryjskim, w wyniku którego zniszczona została większość budynków w mieście. Po tym wydarzeniu wzmocniono i rozbudowano fortyfikacje bastionowe miasta.
W czasie wojny na Półwyspie Iberyjskim miasto stanowiło jeden z dwóch głównych (obok Ciudad Rodrigo) umocnionych punktów na drodze do Portugalii i było zwane „kluczem do korytarza południowego”. W tym czasie było oblegane czterokrotnie. 10 marca 1811 roku twierdza broniona przez wojska hiszpańskie poddała się Francuzom dowodzonym przez marszałka Soulta. 13 maja tego samego roku próbę odbicia miasta podjął generał William Beresfod, jednakże 16 maja 1811 musiał przerwać oblężenie, aby wyjść naprzeciw armii Soulta idącej na odsiecz garnizonowi.