Osobiście brał udział w konwencji konstytucyjnej, mającej wypracować ustawę zasadniczą przyszłego Związku Australijskiego.
W październiku 1899 po serii skandali upadł gabinet Edwarda Braddona i tekę szefa rządu Tasmanii przejął Lewis. Po inauguracji Związku w styczniu 1901 roku, wszedł do pierwszego gabinetu federalnego jako minister bez teki. Kiedy jednak w marcu 1901 członkowie rządu musieli wybrać – start w wyborach federalnych lub pozostanie w polityce stanowej – Lewis jako jedyny członek gabinetu Bartona wybrał karierę stanową i zrzekł się funkcji ministra federalnego. Rządził Tasmanią do końca kadencji jej parlamentu, który przypadł na początek kwietnia 1903 roku.
W kolejnych wyborach Lewis był zmuszony zmienić okręg wyborczy, gdyż jego dotychczasowy uległ likwidacji. Nie dał rady przekonać do siebie swoich nowych wyborców i jako jedyny w historii urzędujący premier Tasmanii utracił mandat parlamentarny. Wrócił do poważnej polityki dopiero po sześciu latach, w czerwcu 1909 roku. Natychmiast odzyskał stanowisko premiera, choć już po trzech miesiącach na krótko je stracił. Po raz trzeci został premierem stanu pod koniec października 1909 i tym razem urzędował przez blisko trzy lata, do czerwca 1912.