W 2001 i 2005 ponownie uzyskiwał mandat poselski. W IV kadencji był członkiem Komisji Skarbu i Komisji Mniejszości Narodowych i Etnicznych oraz wiceprzewodniczącym Komisji Nadzwyczajnej do rozpatrzenia projektu ustawy o działalności lobbingowej. 4 listopada 2005 został powołany na stanowisko sekretarza stanu w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów odpowiedzialnego za współpracę rządu z parlamentem. 14 lipca 2006 został szefem gabinetu politycznego premiera Jarosława Kaczyńskiego. Z obu stanowisk odwołano go 16 listopada 2007.
26 września 2006 w programie Teraz my! na antenie TVN wyemitowano nagranie rozmowy ministra z Renatą Beger, w której Adam Lipiński ustalał warunki przejścia posłanki Samoobrony do klubu parlamentarnego Prawa i Sprawiedliwości. W zamian za to Renata Beger chciała objąć stanowisko sekretarza stanu w Ministerstwie Rolnictwa, otrzymać pomoc prawną w rozwiązaniu jej spraw sądowych, stanowiska dla członków swojej rodziny oraz zabezpieczenie finansowe na pokrycie weksli wypełnianych przez posłów Samoobrony.