Współcześnie wiadomo, że szkarłatkowate umieszczone są na pozycjach blisko szczytu kladogramu goździkowców, a cały rząd sytuowany jest blisko pozycji bazalnej dla grupy astrowych asterids, czasem przedstawiany jest jako siostrzany dla tego kladu, czasem łączony jest w takiej relacji z sandałowcami Santalales lub Berberidopsidales.
Datowanie za pomocą zegara molekularnego czasu wyodrębnienia grupy koronnej rzędu daje zróżnicowane wyniki z przedziału zwykle od 119 do 83 milionów lat temu, przy czym wyodrębnienie niemal wszystkich rodzin miało nastąpić przed nastaniem paleogenu tj. przed 66 milionami lat. Obecność przedstawicieli rzędu w zapisie kopalnym jest bardzo słaba, znane są kwiaty z typowymi dla goździkowców ziarnami pyłku i zalążkami z turonu (kreda późna) i eocenu.
Pozycja systematyczna rzędu w kladogramie dwuliściennych właściwych według APweb (aktualizowany system APG IV z 2016) W pierwszej wersji systemu APG z 1998 roku goździkowce umieszczone zostały w politomii obok dużych grup różowych rosids i astrowych asterids oraz rzędów Santalales i Saxifragales.