W aktualizacji systemu APG II z 2003 goździkowce umieszczono wraz z siostrzaną rodziną Dilleniaceae nadal w politomii podobnej jak wcześniej (skalnicowce przesunięte zostały jednak do pozycji bazalnej względem różowych, a do politomii dołożono grupę obejmującą rodziny Berberidopsidaceae i Aextoxicaceae). W kolejnej wersji systemu APG III z 2009 goździkowce umieszczone zostały w serii kolejno oddzielających się rzędów od linii prowadzącej już tylko do astrowych, względem których goździkowce zajęły pozycję siostrzaną. Powstanie goździkowców poprzedzone było oddzieleniem się Berberidopsidales i sandałowców. W systemie APG IV pozycja goździkowców nie uległa zmianie.
Podział i relacje filogenetyczne według APweb (aktualizowany system APG IV z 2016) W systemach APG w kolejnych wersjach uszczegóławiano klasyfikację w obrębie rzędu, wyodrębniając kolejne rodziny. W stosunku do pierwotnego ujęcia rzędu z 1998 roku w systemie APG II (2003) dodano rodziny Barbeuiaceae i Gisekiaceae. W systemie APG III (2009) wyodrębniono takie rodziny jak: Anacampserotaceae, Limeaceae, Lophiocarpaceae, Montiaceae i Talinaceae.