W 1991 został zastępcą dowódcy polskiego kontyngentu w operacji Pustynna Burza, a w 1992 służył jako zastępca dowódcy sektora Misji Obserwacyjnej ONZ w Iraku i Kuwejcie ( – United Nations Iraq-Kuwait Observation Mission).
W lutym 1992 objął stanowisko szefa Wydziału Misji Pokojowych Oddziału Kontaktów Zagranicznych i Misji Pokojowych Zarządu Wojskowych Spraw Zagranicznych, w lipcu tegoż roku został wyznaczony na szefa Oddziału Wojskowych Misji Pokojowych Zarządu. Następnie, po zmianach organizacyjnych, od maja 1993 kontynuował służbę na takim samym stanowisku w Departamencie Wojskowych Spraw Zagranicznych Ministerstwa Obrony Narodowej w Warszawie, po czym był kolejno dyrektorem Biura Kontroli Zbrojeń i Misji Międzynarodowych – zastępcą dyrektora Departamentu (1994–1996) oraz dyrektorem Departamentu (1996–1999). W 1999 został szefem Generalnego Zarządu Operacyjnego P-3 w Sztabie Generalnym Wojska Polskiego w Warszawie. mały|lewo|gen. Franciszek Gągor (z lewej) podczas wizyty w Katyniu wraz z prezydentem RP Lechem Kaczyńskim (17 września 2007) W 2003 kierował Misją Obserwacyjną ONZ w Iraku i Kuwejcie, po czym pełnił funkcję dowódcy Sił Narodów Zjednoczonych ds. Nadzoru Rozdzielenia Wojsk na Wzgórzach Golan. W latach 2004–2006 był polskim przedstawicielem wojskowym przy Komitetach Wojskowych NATO i Unii Europejskiej w Brukseli.