27 lutego 2006 został szefem Sztabu Generalnego Wojska Polskiego. thumb|gen. dyw. Bronisław Kwiatkowski i gen. Franciszek Gągor podczas uroczystości zakończenia misji Polskiej Dywizji Wielonarodowej Centrum-Południe (4 października 2008) Zginął 10 kwietnia 2010 w katastrofie polskiego samolotu Tu-154 w Smoleńsku w drodze na obchody 70. rocznicy zbrodni katyńskiej. Trumna z jego ciałem przybyła do Polski 16 kwietnia 2010 o godz. 22:00. 21 kwietnia został pochowany w Kwaterze Smoleńskiej na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach. Jego ciało zostało ekshumowane 8 czerwca 2018 w związku z prowadzonym w Prokuraturze Krajowej śledztwem w sprawie katastrofy smoleńskiej. mały|grób gen. Gągora na Powązkach (luty 2011) Upamiętnienie 20 kwietnia 2010 odsłonięto poświęconą mu tablicę pamiątkową w siedzibie Sztabu Generalnego Wojska Polskiego w Warszawie, a 15 sierpnia 2010 tablicę pamiątkową na terenie Ministerstwa Obrony Narodowej Islamskiej Republiki Afganistanu w Kabulu.
14 lipca 2010 na IX Nadzwyczajnym Krajowym Zjeździe Delegatów Związku Żołnierzy Ludowego Wojska Polskiego podjęto uchwałę o zmianie nazwy na Związek Weteranów i Rezerwistów Wojska Polskiego im. gen. Franciszka Gągora.
3 września 2011 gen.