Znajdował się on poza murami miasta, mając za zadanie – zgodnie ze swą nazwą – izolować i w mniejszym stopniu próbować leczyć chorych na ospę.
thumb|left|250px|Kościół św. Jakuba w Gdańsku Ważną rolę odegrał również Szpital Świętej Elżbiety, utworzony z istniejącego jeszcze w czasach panowania Polaków przytułku dla ubogich i sierot, a także Szpital Świętego Jakuba, utworzony w 1414 roku na terenie Nowego Miasta w celu leczenia chorych żeglarzy. Szpital ten został rozbudowany w 1432 roku, rok później spalony w czasie najazdu husytów i powtórnie odbudowany, po czym uzyskał przywileje kościelne. Około 1390 istniały cztery szpitale w Gdańsku, z których dwa były przeznaczone jedynie dla trędowatych.
W późniejszych wiekach następował dalszy rozwój szpitalnictwa gdańskiego, związany również z pojawieniem się wielu innowacji w tej dziedzinie nauki. W 1541 roku w Szpitalu Świętej Elżbiety utworzono wydzielony oddział dziecięcy. W 1549 roku powstał oddział dla umysłowo chorych, stanowiący wówczas rzadkość na skalę Europy. Osoby cierpiące na zaburzenia tego typu były w tamtym okresie zamykane w więzieniach, bądź uznawane za opętane.