Kiedy Włochy przystępowały do wojny, w służbie były 154 samoloty, lecz tylko 12 z nich nadawało się do użycia. W pierwszym okresie walk w Afryce wykorzystywano głównie samoloty z silnikami Fiata, ponieważ silnik K.14 nie był przystosowany do użytku w warunkach pustynnych. Łącznie zbudowano 217 egzemplarzy seryjnych.
Ba.65 w Iraku W 1937 roku podpisano kontrakt na piętnaście samolotów Ba.65 i sześć Savoia-Marchetti SM.79B. Maszyny dostarczono w 1938 roku wcielono na wyposażenie 5. Dywizjonu Royal Iraqui Air Force. W trakcie rewolucji w roku 1941, samoloty wzięły udział w walkach z Brytyjczykami. Szczególna aktywność odznaczona podczas oblężenia bazy lotniczej w Habbanija. W wyniku nalotów RAF-u, braku odpowiedniego serwisu i części w ciągu tygodnia irackie lotnictwo straciło wartość bojową.
Ba.65 w Chile Misja wojskowa z Chile w 1937 roku zakupiła 20 samolotów Ba.65 i 9 Nardi 305. Wybrano wersję jednomiejscową i szkolną dwumiejscową. Wszystkie maszyny dotarły na statkach 14 grudnia 1938 roku. W marcu 1939 roku sformowano dywizjon Gruppo No. 4. W czasie eksploatacji stracono dwa samoloty w katastrofach: 13 września zginął por. Fernando Traub i 3 listopada por. Ramon Oritz, a 31 października spłonął trzeci samolot.