Już od 1 września 1939 esesmani Eimanna uczestniczyli w masowych aresztowaniach Polaków na terenie Wolnego Miasta Gdańska. Tworzyli też załogi prowizorycznych obozów dla internowanych, utworzonych w Victoriaschule, gdańskim Nowym Porcie, Granicznej Wsi i w wielu innych miejscach, gdzie polskich więźniów poddawano wyjątkowo brutalnym torturom i szykanom. Max Pauly kierował ponadto Komendanturą Obozów Jenieckich w Gdańsku, której podlegały niemal wszystkie obozy internowania na Pomorzu.
Udział w terroryzowaniu i eksterminacji polskiej ludności Pomorza oddział Eimanna mógł wziąć na pełną skalę po zakończeniu kampanii wrześniowej. Jesienią 1939 Wachsturmbann „Eimann” udzielał wsparcia strukturom policyjnym, żandarmerii i oddziałom Selbstschutzu w przeprowadzaniu akcji aresztowań Polaków na Wybrzeżu Gdańskim. Jego esesmani dokonywali m.in. aresztowań i doraźnych egzekucji Polaków w Starogardzie, Kościerzynie, Kartuzach, czy Wejherowie; jak również eskortowali pomorskich Żydów do gett w Wiedniu i Bratysławie.