Od lat 20. XX w. siostry zakonne ze zgromadzenia wstępowały w związki małżeńskie z zakonnikami ze Zgromadzenia Kapłanów Mariawitów, a w latach 1929–1935 przyjmowały święcenia kapłańskie i sakry biskupie. Pełniły funkcje duszpasterskie w niektórych parafiach mariawickich. Ich dzieci zrodzone ze związków z kapłanami uważane były w teologii mariawickiej za niepokalanie poczęte.
W 1935 w zgromadzeniu doszło do rozłamu. 80 sióstr oraz ówczesna przełożona generalna przeszły do Kościoła Katolickiego Mariawitów i założyły drugie Zgromadzenie Sióstr Mariawitek z domem generalnym w Felicjanowie. Pozostałe przy Starokatolickim Kościele Mariawitów zakonnice podporządkowały się postanowieniom synodów mariawickich z lat 1935–1936 i wybrały spośród siebie nową przełożoną generalną. Kapłanki zostały zawieszone w funkcjach prezbiterów parafialnych. Zamężne siostry, które chciały pozostać w małżeństwie z duchownymi ze Zgromadzenia Kapłanów Mariawitów przechodziły do stanu świeckiego.
21 maja 1960 został uregulowany byt prawny Zgromadzenia Sióstr Mariawitek w Polsce. Zatwierdzono statut zgromadzenia i uzyskano rejestracje prawną w Urzędzie do Spraw Wyznań.