W trakcie wojny amerykańsko-meksykańskiej, 7 czerwca 1846 roku, amerykański komodor uznał Kalifornię za tereny należące do Stanów Zjednoczonych, a dwa dni później, kapitan przybył do Yerba Buena, by ustanowić tam administrację amerykańską. Rok później Yerba Buena przemianowano na San Francisco. Pomimo atrakcyjnego położenia, będące naturalnym portem i bazą marynarki wojennej San Francisco, wciąż było małą osadą z niesprzyjającymi osadnictwu warunkami geograficznymi.
Kalifornijska gorączka złota Kalifornijska gorączka złota spowodowała napływ poszukiwaczy tego kruszcu na tereny stanu. Przybysze osiedlali się masowo w San Francisco, preferując je ponad rywalizujące z nim miasto Benicia. Wizja wzbogacenia się była tak silna, że załogi statków przybywających do portu często porzucały swoje jednostki i masowo udawały się na pola złotonośne. Port miejski wypełnił się opuszczonymi statkami. Do grudnia 1849 roku liczba mieszkańców San Francisco wzrosła z 1000 do 25000. Z tych czasów wywodzi się też jedna z ikon miasta – chleb na zakwasie, będący podstawą wyżywienia XIX-wiecznych górników i robotników.