Ala ad-Daula uciekł do swojego brata Babura w Astarabadzie i Uług Beg zajął Herat. To na ten moment źródła datują pierwsze przyczyny późniejszego antagonizmu Abd al-Latifa wobec ojca. Uług Beg miał bowiem, pomimo odwagi wykazanej w trakcie bitwy przez Abd al-Latifa, nakazać by wieści o zwycięstwie (fas-namahs) były napisane w imieniu jego młodszego syna, Abd al-Aziza. Co więcej, Uług Beg nie tylko nie przyznał Abd al-Latifowi jego udziału w łupach z Chorasanu, ale także pozbawił go części jego osobistego skarbu, który umieścił w twierdzy Ichtijar ad-Din.
Abd al-Latif został przez ojca wysłany do Bastamu, nie będąc jednak w stanie stawić czoła Baburowi uciekł do Niszapuru, by następnie w związku z niepotwierdzonymi później oskarżeniami o bunt zostać przez Uług Bega skierowanym do Meszhedu, gdzie pozostawał aż do listopada 1448 roku. W tym miesiącu Uług Beg przybył do Meszhedu i po połączeniu się z synem wspólnie stłumił rebelię turkmeńskiego księcia Jar Alego w Heracie, po czym powrócił do Samarkandy zostawiając Abd al-Latifa jako namiestnika miasta. Zaledwie dwa tygodnie po odejściu Uług Bega pod Heratem pojawił się Babur i Abd al-Latif opuścił miasto, by następnie na rozkaz ojca udać się do Balchu i przejąć w nim rządy.