Ponieważ obawiał się swojego ojca oraz czuł się skrzywdzony przez jego poprzednie działania Abd al-Latif przystąpił teraz do przygotowywania buntu przeciwko niemu. Po tym jak Uług Beg w brutalny sposób stłumił rebelię w rejonie Heratu nie było trudno znaleźć zwolenników gotowych wystąpić przeciwko niemu. Aby zwiększyć swoją popularność w regionie Abd al-Latif ponadto zniósł opłaty pobierane od handlu (tamgha). Ponieważ Balch leżał na szlaku handlu z Indiami Uług Beg utracił w ten sposób ważne źródło dochodu. Wrogość Abd al-Latifa wobec ojca przybrała tak otwartą formę, że ten ostatni nie miał wyjścia i prawdopodobnie wczesnym latem 1449 roku wyruszył przeciwko niemu. Abd al-Latif początkowo nie dopuścił do przekroczenia przez niego Amu-Darii, gdy zaś doszło do starć pomiędzy obiema armiami przeważnie wychodził z nich zwycięsko. Żołnierze Uług Bega zaczęli dezerterować, a on sam zaczął się obawiać, iż jego emirowie wydadzą go synowi. W międzyczasie pozostawiony jako namiestnik w Samarkandzie Abd al-Aziz zraził do siebie jej mieszkańców swoją arogancją, co wykorzystał pozostający w służbie Uług Bega timurydzki książę Abu Sa’id (1451 - 1469), który na czele swoich zwolenników zaatakował miasto. Na wieść o tym Uług Beg zarządził powrót do Samarkandy, zmuszając Abu Sa’ida do odstąpienia od miasta.