Za swoim ojcem postępował jednak Abd al-Latif, który pokonał go w bitwie nieopodal Samarkandy. Uług Bega opuścił nawet emir Barłasów Sultanszah a bramy Samarkandy zostały przed nim zamknięte przez jego innego emira, Miranszaha Ka'uczina. Także w twierdzy Szahruchijja, w której próbował się następnie schronić wraz z Abd al-Azizem, Uług Bega spotkało to samo przyjęcie. Był zatem zmuszony powrócić do Samarkandy i poddać się Abd al-Latifowi.
Abd al-Latif ustanowił teraz nominalnego chana z rodu Czyngis-chana i nakazał mu osądzić swojego ojca zgodnie z szariatem. Gdy zapadł oczekiwany wyrok śmierci pozwolono Uług Begowi na wyruszenie na pielgrzymkę i Abd al-Latif zabił go podczas niej 25 lub 27 października 1449 roku. Czyn ten został zgodnie potępiony przez historyków epoki Timurydów i w znacznym stopniu przyczynił się do upadku prestiżu linii Szahrucha. Wkrótce ten sam los spotkał także brata Abd al-Latifa, Abd al-Aziza. Emir Sultanszah wraz ze swoim synem zostali zabici przez emirów, którzy pozostali lojalni wobec Uług Bega, kiedy odkryli oni że przywódca Barłasów chce przejść na stronę Abd al-Latifa. Wkrótce po dojściu do władzy ten zabił ich pod zarzutem spiskowania przeciwko niemu. Poza tym właściwie nie posiadamy informacji o rządach Abd al-Latifa w Samarkandzie.