Podczas nocy kryształowej (9/10 listopada) zdemolowano miejscową synagogę oraz szereg sklepów i mieszkań żydowskich. Kilkadziesiąt osób żydowskiego pochodzenia aresztowano – większość z nich jednak już niebawem wyszła na wolność.
Żydów pozostałych w mieście po wybuchu wojny (część zdążyła wcześniej wyemigrować) wywieziono w dwóch turach – 24 października 1941 roku oraz 16 stycznia 1942 roku – w większości do getta w Rydze, a niewielką część do Auschwitz, Theresienstadt i Izbicy. Według oficjalnych danych deportowano łącznie 58 osób, według szacunków historyków było ich faktycznie więcej, bo ponad 70. Wojnę przeżyły tylko cztery osoby z tej grupy.
Podczas ciężkich nalotów w dniach 5, 8 i 11 kwietnia 1945 roku w gruzach legło wiele budynków użyteczności publicznej, zakładów przemysłowych oraz 4500 mieszkań. 741 osób poniosło śmierć. 14 kwietnia miasto zostało zajęte przez wojska amerykańskie.
Po zakończeniu II wojny światowej Bayreuth weszło w skład amerykańskiej strefy okupacyjnej.