Około 1537 zaczęto wznosić wokół dziedzińca, na miejscu dawnego zajazdu, dwukondygnacyjną oficynę; po tej przebudowie zachował się obecny obrys budynku.

Pożar i odbudowa mały|upright|Figura króla Zygmunta II Augusta na szczycie wieży 3 października 1556 wybuchł w ratuszu groźny pożar (przyczyną pożaru było zaprószenie ognia z kominka w sali Wety), który dość poważnie uszkodził jego konstrukcję, a zniszczeniu uległo wyposażenie sali sądowej. Usuwanie skutków pożaru trwało 6 lat i zapoczątkowało przebudowę gmachu w stylu renesansowym. Rada miejska na czas odbudowy przeniosła się do ocalałych pomieszczeń ratusza oraz do tymczasowych pomieszczeń wokół dziedzińca. W latach 1559–1560 wykonano nowy hełm wieży, a także nową elewację. 23 września 1561 na szczycie hełmu ustawiono pozłocony posąg panującego wówczas w Polsce króla Zygmunta II AugustaWydarzyło się na Pomorzu..., Twoja Gazeta.pl nr 8 (38) sierpień 2016.. Z tej okazji, tego samego dnia odbył się pierwszy koncert zainstalowanego wówczas 14-dzwonowego carillonu automatycznegoGdańsk bez carillonu nie mógłby już istnieć. Na czym polega fenomen tego instrumentu?. mały|left|Obraz „Apoteoza Gdańska”, zwany też „Alegorią handlu gdańskiego”, Izaak van den Blocke, 1608, Wielka Sala Rady (tzw.