W 1989 roku rozwiązał przedwcześnie kontrakt z ekipą Granatelli i przeniósł się do Patrick Racing, który podpisał umowę na dostawę silników z koncernem Alfa Romeo. Kolejne dwa sezony okazały się jednak kompletnie nieudane, gdyż włoskie jednostki napędowe były znacznie słabsze od konkurencyjnych Chevroleta i Coswortha. Przenosiny do Patrick Racing Guerrero określił jako najgorszą decyzję w swoim życiu.
W 1991 roku nie mógł znaleźć stałego zatrudnienia; w drugiej połowie sezonu zaliczył tylko pięć wyścigów w barwach zespołu Bernstein Racing. W 1992 roku wziął udział tylko w dwóch wyścigach, lecz ponownie odegrał niechlubną rolę podczas Indianapolis 500. Podczas kwalifikacji ustanowił rekord toru, zdobywając pole position, ale w trakcie okrążenia rozgrzewkowego wpadł w poślizg i uderzył w wewnętrzną ścianę.
W 1993 roku zaliczył ostatni pełny cykl startów w CART, ale ponownie nie zanotował żadnych sukcesów. W kolejnych dwóch latach wystartował tylko w trzech wyścigach i jego kariera zdawała się dobiec końca, ale została przedłużona po powstaniu w 1996 roku serii Indy Racing League.