Moore nie zawarł jednak odniesień do wcześniejszych prac Jahnów ani Whittakera, mimo że ich nazewnictwo powszechnie funkcjonowało.
Kontrowersje i trudności klasyfikacyjne w tradycyjnej systematyce grzybów Grzyby niedoskonałe
Przed rozwinięciem metod filogenetyki molekularnej systematyka grzybów nastręczała trudności wynikających z biologii przedstawicieli tej grupy odmiennej od biologii typowych roślin i zwierząt. U wielu grzybów nieznane są (lub przez długi czas były) procesy płciowe, których zróżnicowanie jest często podstawą klasyfikacji taksonomicznej, a budowa jest mało skomplikowana (pleśń lub postać przypominająca drożdże). W związku z tym te grzyby, których pokrewieństwa z innymi grupami nie dało się ustalić, zaliczano do sztucznego taksonu „grzyby niedoskonałe”.
Porosty
Kontrowersyjny jest również status porostów, które są układami symbiotycznymi grzybów i glonów. Tradycyjnie porosty są traktowane nie jak układy organizmów, lecz jak pojedyncze organizmy, mając własną systematykę. We współczesnych systemach często jednak odrębność porostów nie jest uwzględniana i poszczególne ich taksony są włączane do taksonów grzybów (np.