chrobotek jest zaliczany do workowców z pominięciem taksonu „porosty workowe”).
Inne grupy W zależności od koncepcji taksonomicznej, do grzybów włączane były lub są różne grupy organizmów. Wśród grup zaliczanych dawniej powszechnie do grzybów, obecnie zaś przez większość taksonomów do innych grup, są m.in. śluzowce i lęgniowce. Część z nich włączana jest do królestwa Protista jako nieformalna grupa protistów grzybopodobnych.
Współczesne systemy klasyfikacyjne Aktualna klasyfikacja Powszechnie obecnie przyjętym systemem klasyfikacji grzybów jest Index Fungorum oparty na kolejnych edycjach Dictionary of the Fungi. Jest to system sukcesywnie aktualizowany o nowe badania nad filogenetyką grzybów, w związku z czym pozycja wielu taksonów w tym systemie ulega zmianie po opublikowaniu nowych ustaleń taksonomicznych. Jest to system otwarty, tzn. że wiele taksonów (zwłaszcza tzw. grzybów niedoskonałych) nie ma ustalonej szczegółowej pozycji w systemie, a brakujące taksony są opisane jako Incertae sedis. Królestwo Fungi w systemie tym podzielone jest na typy i rodzaje Incertae sedis o nieokreślonej pozycji taksonomicznej.