Z racji, że procesy rozpuszczania są bardzo powolne a rozkładana materia tonie, jest ona transportowana z powierzchni oceanu na jego dno znacznie szybciej, co składa się na działanie pompy biologicznej.
Pompa biologiczna odgrywa ważną rolę w cyklu węgla na Ziemi, w związku z czym podejmowane są próby zmierzenia jej siły. Procesy tworzące pompę biologiczną są jednak trudne do zmierzenia ze względu na oddziaływania ekosystemu na dużych głębokościach. Stosuje się najczęściej metodę polegającą na określeniu produkcji pierwotnej zasilanej azotanami oraz amoniakiem, gdyż te składniki odżywcze są odmiennego pochodzenia ze względu na remineralizację tonącej materii. Określa się w ten sposób tzw. współczynnik f, który może służyć jako przybliżenie siły miejscowej pompy biologicznej. Zastosowanie tych wyników do skali globalnej komplikuje odmienna rola cyrkulacji w różnych obszarach oceanu.
Pompa biologiczna ma swój fizyko-chemiczny odpowiednik znany jako pompa rozpuszczalności.