Wyniki wielu badań sugerują, że gatunek ten jest najbardziej oporny spośród całego rodzaju Shigella.
Afryka Opisano wrażliwość bakterii na antybiotyki u dzieci z infekcją przewodu pokarmowego o etiologii S. flexneri w Mozambiku (2009). Oporność była następująca – ampicylina (66%), chloramfenikol (61%), tetracykliny (64%); większość szczepów wrażliwa była na cyprofloksacynę oraz ceftriakson. W Senegalu ponad połowa szczepów nie była wrażliwa na amoksycylinę (także z kwasem klawulanowym) oraz chloramfenikol. Powszechnie stosowane antybiotyki na szigellozę w Afryce nie wykazują aktywności przeciwko S. flexneri.
Azja W Chinach 12% szczepów S. flexneri było opornych na fluorochinolony – przyczyną są mutacje genów gyrA oraz parC, kodujące pompy przezbłonowe aktywnie usuwające antybiotyk z komórek. Podobne mutacje opisano w Korei – 2 przypadki oporne na ogólną liczbę 5938 szczepów. Rosyjskie szczepy są w większości oporne na chloramfenikol i tetracykliny. W Turcji 73% szczepów oporne jest na ampicylinę;